中文Lõuna-Aafrika uus koroonaviiruse variandi tüvi 501Y-V2
18. detsembril 2020 tuvastas Lõuna-Aafrika Vabariik uue koroonaviiruse 501Y-V2 mutandi.Nüüd on Lõuna-Aafrika mutant levinud enam kui 20 riiki.Katsed on näidanud, et ülaltoodud uue koroonaviiruse mutandid võivad sisaldada teisi uue koroonaviiruse K417N/T, E484K ja N501Y mutatsioonide variante, mis võivad vähendada vaktsiinist põhjustatud plasmat neutraliseerivate antikehade neutraliseerimisvõimet.Võrreldes võrdlusgenoomiga Wuh01 (järjestusnumber MN908947), on Lõuna-Aafrika mutantse genoomi järjestuse 501Y.V2-l aga 23 nukleotiidi varianti.Sellel on sama mutatsioon N501Y kui Suurbritannia mutandi B.1.1.7 alatüübil, kuid see sisaldab siiski mutatsioone S-valgu kahes võtmekohas E484K ja K417N, millel on potentsiaalselt oluline mõju viiruse nakatamisvõimele.
Uus koroonaviirus on üheahelaline RNA viirus, mille genoomi mutatsioonid on sagedasemad.Ühe sihtmärgi tuvastamine võib kergesti viia vähese viiruskoormuse ja muteerunud viirustüvedega proovide tuvastamata jätmiseni.Kordusuuringu määr sihtmärgi tuvastamisel võib üksiku positiivse korral ulatuda üle 10%, mis võib suurendada töökoormust ja pikendada diagnoosimise aega.Mitme sihtmärgi tuvastamine ja iga sihtmärgi tulemuste vastastikune kontrollimine võib suurendada avastamise määra ja hõlbustada varajast diagnoosimist.
Joonis 1. Uue koroonaviiruse nakkuse mehhanismi skemaatiline diagramm
Suurbritannia uus koroonaviiruse mutant B.1.1.7
26. detsembril 2020 avaldati veebis esimene teaduslik artikkel B.1.1.7 tüve kohta.Londoni hügieeniülikooli ja troopiliste haiguste instituut kinnitas, et B.1.1.7 tüvi on rohkem levimisvõimeline kui teised tüved, mis oli üle 56% (95% CI 50–74%).Kuna sellel uuel mutantsetüvel on ilmsem ülekandevõimsus, on COVID-19 kontrollimine muutunud keerulisemaks.Järgmisel päeval laadis Birminghami ülikool Ühendkuningriigis üles artikli MedRxivi kohta.Uuringus leiti, et B.1.1.7 mutantse tüvega (S-geeni väljalangemine) nakatunud patsientidel suurenes oluliselt ORF1ab ja N viiruse geenikoopiate arv;seda nähtust jälgiti elanikkonnas.See artikkel juhib tähelepanu sellele, et Suurbritannia mutandiga B.1.1.7 nakatunud patsientidel on oluliselt suurem viiruskoormus, seega võib see mutant olla ka patogeensem.
Joonis 2. Suurbritannia koronaviiruse mutantsetüves B.1.1.7 sisalduv genoomi mutatsioonijärjestus
Joonis 3. N501Y mutatsioon toimus nii Suurbritannias kui ka Lõuna-AafrikasVariandid
Uute koroonaviiruse variantide avastamiskomplekt
Chuangkun Biotech Inc. on edukalt välja töötanud tuvastuskomplekti B.1.1.7 ja 501Y-V2 uute koronaviiruse variantide jaoks.
Selle toote eelised: kõrge tundlikkus, 4 sihtmärgi samaaegne tuvastamine, mis hõlmavad mutantsetüve B.1.1.7 ja Lõuna-Aafrika mutantset tüve 501Y.V2 peamisi mutatsioonikohti.See komplekt suudab samaaegselt tuvastada N501Y, HV69-70del, E484K mutatsioonisaite ja uut koroonaviiruse S geeni;Kiire test: proovi võtmisest tulemuseni kulub vaid 1 tund 30 minutit.
Joonis 4. COVID-19 Suurbritannia variandi amplifikatsioonikõvera tuvastamine
Joonis 5. COVID-19 Lõuna-Aafrika variandi amplifikatsioonikõvera tuvastamine
Joonis 6. Uue koroonaviiruse amplifikatsioonikõvera metsiktüüp
Pole selge, kuidas need mutatsioonid koguvad pandeemia COVID-19 uut pikaajalist mõju.Kuid see tuletab meile meelde, et need mutatsioonid võivad mõjutada loomuliku immuunsuse ja vaktsineerimisest tuleneva immuunsuse tõhusust.Samuti tuletab see meile meelde, et peame uut koroonaviirust pidevalt jälgima pikka aega ja uuendama COVID-19 vaktsiini, et tulla toime uue koroonaviiruse arenguga.
Postitusaeg: 12.03.2021